一、消毒滅菌前的準備
      軟式內鏡診療結束后必須就地進行床旁預處理；清洗前要進行測漏（至少每天一次），手工刷洗、沖洗后再放入清洗消毒機或進入四槽法手工處置流程。
二、終末漂洗水的要求
      WS507標準規定了軟式內鏡高水平消毒后終末漂洗水的細菌總數應≤10CFU/100mL，終末漂洗水應使用孔徑≤0.2μm的濾膜過濾；應使用滅菌處理的無菌水對滅菌內鏡進行終末漂洗。實際使用中，要加強終末漂洗水的微生物污染監測，及時更換濾膜和清除管道內可能的生物膜污染。
三、終末漂洗后的干燥
      普通棉布易濕透，無紡布不吸水，二者都易使軟式內鏡干燥中發生污染，建議選擇表層吸水底層阻水的專業內鏡干燥巾。WS507標準要求干燥氣槍要使用“潔凈壓縮空氣”，因此需要配置醫用空氣壓縮機組，或帶過濾器的氣泵和氣槍，保證干燥氣體的衛生質量。
四、清洗消毒設備設施
      每日清洗消毒工作結朿時應對清洗槽、漂洗槽等徹底刷洗，采用合適的消毒液進行消毒；更換消毒劑時應徹底刷洗消毒槽，避免底部殘渣影響消毒劑質量。定期消毒清洗消毒機的槽面、灌流管道和管路，避免交叉污染。
五、轉運和儲存的污染
      使用加蓋配套盒轉運已消毒的軟式內鏡；控制儲存環境的溫濕度（24℃、70%），保持鏡庫或鏡柜表面的清潔很重要，不能采用紫外線或臭氧對儲鏡空間進行消毒，以免對內鏡表面材料氧化傷害。化學浸泡滅菌的軟式內鏡需配置專業的清洗框，滅菌后使用無菌袋套裝再轉運；應使用配套清洗框的專業儲鏡柜儲存，用潔凈過濾的熱空氣徹底干燥內鏡管道，避免儲存過程中污染。